Die Darstellungen eines Flächennutzungsplans haben für die Zulässigkeit von Bauvorhaben im allgemeinen keine Bedeutung. Dies gilt zumindest für Vorhaben im Geltungsbereich eines Bebauungsplans (§ 30 BauGB) und im nicht beplanten Innenbereich (§ 34 BauGB). Anders sieht dies im Außenbereich aus, weil dort die dem Vorhaben widersprechenden Darstellungen des FNP ein öffentlicher Belang sind (§ 35 Abs. 3 Nr. 1 BauGB) und Bauvorhaben im Außenbereich nur zulässig sind, wenn öffentliche Belange nicht entgegenstehen bzw. öffentliche Belange nicht beeinträchtigt werden. Mit Hilfe eines FNP kann die Ansiedlung von Vorhaben wie Windkraftanlagen, Abgrabungen oder Intensivtierhaltungen gesteuert werden.
Bauleitpläne sind aus dem Flächennutzungsplan zu entwickeln, d.h. die Art der baulichen Nutzung kann in einem Bebauungsplan nicht anders als im FNP festgesetzt werden. Will die Kommune von ihrem FNP abweichen, muss sie diesen vor oder parallel zur Aufstellung des FNP ändern.